در سپتامبر ۱۹۳۹، بریتانیا وارد جنگ جهانی دوم شد. لرد هیلشام پیشنهاد کرد که الیزابت و مارگارت برای دور بودن از بمبارانهای پیاپی لندن به کانادا منتقل شوند.[۲۲] اما مادر آنها مخالفت کرد: «بچهها بدون من نخواهند رفت. من بدون پادشاه نخواهم رفت و پادشاه هرگز نخواهد رفت.»[۲۳] نتیجتاً آنها را به قلعه بالمورال در اسکاتلند بردند و سپس در کریسمس ۱۹۳۹ راهی کاخ ساندرینگهام در نورفولک شدند.[۲۴] از فوریه تا مه ۱۹۴۰، آنها در رویال لُج در وینزر ماندند و بعد از آن به قلعه وینزر رفتند و پنج سال آینده را در آنجا سپری کردند.[۲۵] در ۱۹۴۰، الیزابت که چهارده ساله بود، نخستین مصاحبه رادیوییاش را با بیبیسی در برنامه ساعت بچهها انجام داد؛ او خطاب به سایر کودکانی که درحال ترک شهرها بودند، گفت:[۲۶] «ما تلاش میکنیم هرچه در توان داریم برای کمک به ملوانان، سربازان و خلبانان شجاعمان انجام دهیم و همچنین تلاش میکنیم که سهم خودمان از خطر و غم جنگ را بپذیریم. ما، تکتک ما، میدانیم که در آخر، همه سالم خواهند بود.»[۲۶]
در ۱۹۴۳، در بازدیدی از گارد گرندیه که خود در سال قبل به عنوان یکی از سرهنگهای آن انتخاب شده بود، الیزابت برای اولینبار به تنهایی در انظار عمومی ظاهر شد.[۲۷] پس از اینکه ۱۸ ساله شد، پارلمان قوانین را تغییر داد تا او بتواند در زمان ناتوانی یا غیبت پدرش، مانند زمان حضور شاه در ایتالیا در ژوئیه ۱۹۴۴، به عنوان یکی از پنج مشاور دولت عمل کند.[۲۸] در فوریه ۱۹۴۵، الیزابت با شماره خدمت ۲۳۰۸۷۳ به صورت افتخاری به عنوان افسر دوم در نیروی کمکی خدمت قلمرویی[و ۲] انتخاب شد.[۲۹] او به عنوان یک راننده و مکانیک تعلیم دید و پنج ماه بعد به صورت افتخاری عنوان فرمانده کهتر (معادل زنانه سروان) را دریافت کرد.[۳۰][۳۱][۳۲]
در روز پیروزی در اروپا الیزابت و مارگارت به صورت ناشناس وارد جمعیتی که برای جشن گرفتن به خیابانها رفته بودند، شدند. او بعدها در یک مصاحبه عنوان کرد که «ما از والدینمان پرسیدیم که آیا میتوانیم برویم و خودمان ببینیم؟ به یاد دارم که وحشتزده بودیم که نکند شناسایی شویم… خطوط مردم غریبهای که به سمت وایتهال میرفتند را به یاد دارم. همه در یک موج آسودگی و خوشحالی در حرکت بودیم.»[۳۳]